Santa Cruz de Castañeda surgió hacia el siglo X como un monasterio benedictino cluniacense. Posteriormente, en el siglo XII, tal como le sucedió al de Santa Juliana de Santillana del Mar, se convirtió en colegiata a cargo de un grupo de canónigos de la orden de San Agustín. Por estas fechas constituía un realengo cuyo señorío cedió Alfonso XI, ya en el siglo XIV, a su hijo don Tello para pasar de éste, por herencia, a la familia Manrique.
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